18 giugno 2008, Luis Enrique è il nuovo allenatore del Barcellona B. Suo primo incarico

Il 18 giugno del 2008 segna un cambiamento epocale nel Barcellona. Perché Guardiola è diventato l'allenatore della prima squadra da pochissimo e, al suo posto per il Barcellona Athletic (o più comunemente chiamato B), viene preso Luis Enrique. "Sono tornato a casa - dirà nell'occasione - ho finito di giocare qui e adesso inizio ad allenare qui".

Sarà un successo. Tre stagioni, dal 2008 al 2011, che gli hanno permesso di gettare le basi della sua carriera da allenatore. Una promozione dalla terza alla seconda divisione, poi uno storico terzo posto con il record di punti, ben 71, e il rischio di giocare nella Liga l'annata successiva che non si sarebbe comunque mai potuto concretizzare perché non possono giocare nello stesso campionato.

L'idea era di una squadra con mentalità e alta intensità. Oltre alla valorizzazione di futuri campioni. Ha contribuito a far crescere e a integrare talenti del calibro di Sergi Roberto, Thiago Alcântara e Marc Bartra prima del loro passaggio in prima squadra. Nel 2011 saluta Barcellona per allenare per una stagione la Roma, un'altra il Celta di Vigo e nel 2014 viene chiamato in prima squadra, conducendola allo storico triplete del 2015, con la vittoria a Berlino contro la Juventus.